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プロローグ　第一話　あらすじ

コズミック・イラ (C.E.) 15年地球再生計画の第1次選抜隊として世界中から注目された新人類「コーディネイター」が地球に渡った。
そして彼らの活躍により地球は、元の青い星に戻りつつあった。
彼らコーディネイターは、その活躍を評価され地球への永続居住許可が出された。
その後コロニーでは、遺伝子操作は法律上禁止されたが地球では認められていたため減ることはなく彼らは数を増やしていった。
しかし遺伝子操作されていない通常の人類「ナチュラル」は、彼らの優れた能力に対し嫉妬・恐怖を抱き始めた。
後にコーディネイター達は、地球で政府「国際連合」と軍隊「国際防衛軍」を組織した。
C.E.70年コロニー側と地球側との交渉の席で起こった爆破テロを切っ掛けに「国際連合」は、「地球連合」に改名し地球連合はコロニー連邦共和国に宣戦布告した。
地球軍は、サイド1の農業用コロニー「スウィート・ウォーター」に核を撃ち込み24万名以上にも及ぶ死者が出た。
コロニー軍は、核攻撃を封じるため核分裂を抑止するニュートロンジャマー (NJ) を地球上に散布した。
しかし核だけでなく原子力発電も行えなくなったことによって地球上は、深刻なエネルギー不足に陥り飢餓や災害によって数億人の死者が出た。
これにより双方の反感情はピークに達し戦争は、激化した。
NJの影響で通信やレーダーが使用不可能になった。
コロニー軍がミノフスキー物理学を応用して作られたミノフスキー・イヨネスコ型核反応炉を持つマン・マシーン(MM)を実戦導入したことで既存の兵器は、急速に弱体化した。
当初物量で勝りモビルスーツ(MS)およびモビルアーマー(MA)を保有する連合の勝利で終わると予想されていた戦争は、MMの登場によって拮抗し11か月が経過した。
C.E.71年工学を専攻するスーパーコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、難民コロニーのヘリオポリスで平和に暮らしていた。
しかしこのヘリオポリス内では、連合による5機のMSの開発が極秘裏に行われておりそれを知ったコロニー軍はMS破壊のため部隊を送り込んできた。
日常は、一変しヘリオポリスは戦場へと変わり果てた。
キラは、逃げ惑う内にMS工場へとたどり着き地球軍パイロットと鉢合わせしてしまう。
そしてそこには、幼少の頃別れた親友アスラン・ザラがいた。
思わぬ形で親友と再会したアスラン・ザラは、戸惑いながらもイージスガンダムでマン・マシーンと交戦した。
しかしまだ最終調整を済んでいないため苦戦を強いられてしまう。
キラは、残された機体ストライクガンダムに搭乗し親友を助ける。
キラは、無事脱出していた友人達と再会するが戦闘はまだ続いていた。
ストライクガンダムは、並のコーディネーターには扱えないほどピーキーなOSに書き換えられていたためマリューはヘリオポリスからの脱出を成功させるためにも彼に出撃を要請する。
キラも友人達を守るため否応なくストライクガンダムに搭乗するのだった。