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遠い未来、かつて神州と呼ばれた土地・極東（日本列島）を舞台に、「聖譜」に基づく歴史のやり直しが行われている世界。聖譜暦1648年を迎え、繰り返すべき歴史記述のない末世が迫っていた。
そんな中、聖連の下に着かず、聖譜に頼らず、自らの力で切り開く人々がいた。その中の一人、宮本良介は、空から少女が降って来た。後にこの出来事が世界を巻き込む至上最大の戦争「聖譜大戦」の始まりである事は誰も知らない。
良介は、そんな彼女をほっとけずに面倒を見るが、良介達が落ちた所は、航空都市艦「武蔵（むさし）」だった。武蔵の住人達と交流しながら、親交を深めていき、時には恋愛に、時にはバトルが起こすなど、様々な騒動に巻き込まれる良介達。
だが、三河では、新名古屋城内での三河の君主・松平元信が不穏な動きをしていた。一方、シオンを狙う謎の組織「二境紋（にきょうもん）」も三河内で暗躍していた。
これが、世界の運命を巡り、良介達の運命を変える大事件の始まりである。良介達の運命はいかに・・・・。