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負傷したソニアにシェリーから、Fウイルスの変異株と空気感染の驚異の可能性の情報を聞かされます。
情報を隠匿していたレオンをなじっていたソニアは、ペンタゴンの建物の中に増殖しつつあるFウイルスを発見します。
発生源を突き止めるためにジェイクとソニアは建物内の調査に向かいます。