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S型(スナイパー型)
60mmバルカン砲×4
G-B.R.D
V.S.B.R×2
カスタム・ビームサーベル×2

R型(偵察型)
60mmバルカン砲×4
カスタム・ビームサーベル×2
カメラ・ライフル
ビームシールド

機体解説
機体本体の内蔵武器は、ビームサーベル2基と頭部バルカン砲4門のみである。
標準武装もビームライフル、シールドとバズーカと非常にオーソドックスなものである。
マン・マシーンとしての基本性能と汎用性は、もちろん運用面も重視した設計が行われている。
戦闘が長期化した場合を考慮して信頼性と耐久性を重視し一部を除いてなるべくコロニー軍の規格を採用し調達が容易な素材や部品を用いるよう心掛けられている。
整備や実戦データのフィードバックによる改修が容易に行えるよう各部を可能な限りユニット化し内装火器を極力減らすことで構造に余裕を持たせている。
これにより本機は、C.E.68年において高性能を誇るマン・マシーンでありながら実用兵器としての信頼性も兼ね備えたバランスの良い機体として完成した。
内装火器の省略による軽量化などの要素もあり運動性の高い機体へと仕上がった。
機体構造が単純化された分各部の耐久性も高い。
耐水圧性能も高く至近距離でのモビルスーツの爆発にも耐えられるという。
機体各部には、新開発の熱核ジェット / ロケット・ジェネレーターが複数搭載されている。
このジェネレーターは、機体の主動力源としての役割に加え熱核ジェット / ロケット・エンジンとしての共用機構を備えており大気圏内外において高性能のスラスターとして機能する。
従来のものよりも小型化されているが単基でもマン・マシーン1機を十分に稼動可能である。
コックピット・コアは、リニア方式で浮遊しかつコアとシートのジョイント部は三重のショック・アブソーバーで支えられている。
なお高性能マン・マシーンとして製造されたガンダムサイガーは、当初より様々な状況下での戦闘を行うことが想定されており機体各部にあるハードポイントにオプション兵装(ミッションパック)を装着することで中距離戦、接近戦、後方支援と索敵に対応できるようになっている。
ただし換装部材は、マン・マシーンデッキを占領しないようになるべく小型化されている。
ガンダムサイガーに搭載されたバイオコンピューターは、パイロットの技量を分析し乗員に過度の負担をかけないよう機体性能にリミッターをかける役割を有する。
パイロットが機体の最大稼動に対応できるとコンピューターが判断しない限り最大出力は、発揮されない仕組みである。
通常は、操縦性を補うため機体バランスのバイアスやベクトル調整を行うものをパイロットの技術や癖を見込んで機体バランスの変更・調整するMACSS（マニューバ・コントロール・サンプリング（サポート）・システム）を持っており能力を単一方向に偏らせた状態での瞬発的な機動性能はあのストライクフリーダムガンダムやデスティニーガンダムをも上回る。
さらにサイコフレーム開発で培われた技術が生かされさらに電装系と装甲材を融合させたマルチプル・コントラクション・アーマー(MCA)構造と呼ばれる技術が採用されている。
リミッターが解除され最大稼動モードが発動すると頭部の排熱ダクトと各部位の放熱フィンの展開し装甲表面の「MEPE」（金属剥離効果＝Metal Peel-off effect ）によってバイオコンピューターの強制冷却が行われる。
この際の副次的効果として剥離した金属片が敵機のセンサーに認識されるために本機があたかも分身しているかのように見える。
しかしその場合は、パイロットに大きな負担がかかる。
そのためニュータイプ以外本機の性能を如何なく発揮することは、不可能である。
さらにミノフスキー・クラフトによる大気圏内での飛行も可能である。
なお頭部は、「Ξガンダム」に似ている。

人工知能「ALICE」
本機に於いて特筆すべき点は、試験的に人工知能「ALICE（アリス）」が搭載されていることである。
マン・マシーンの無人化のためのテストベッドとして開発されたもののバイオ脳の方が安価で効果が高くまた人間のパイロットが無用化する事で既得権益を失う事を恐れたコロニー軍の一部勢力の圧力などによって研究は、凍結された。
「ALICE」とは、「Advanced Logistic&In-consequence Cognizing Equipment ＝ 論理・非論理認識装置」の頭文字をとって名づけられた。

ハードポイント解説
N型解説
中距離戦に比重をおいたミッションパックである。
背部の翼のような推力偏向スラスターを始め全身に多数のフレキシブルスラスターを搭載しており高い機動性を誇る。
N型は、高い機動性とスタンダードな武装と高い汎用性からもっともバランスが取られている。

F型解説
接近戦に比重をおいたミッションパックである。
N型同様背部の翼のような推力偏向スラスターを始め全身に多数のフレキシブルスラスターを搭載しており高い機動性を誇る。
F型への換装に伴う追加装備は近接戦闘用のものだが機体本体にビームライフル、V.S.B.Rとメガビームバズーカを標準装備することにより中距離戦闘にも対応可能である。
また通常の腕以外に独立したサブ・マニピュレーター（隠し腕）を腰部フロントスカートに内蔵している。
通常のマニピュレーター同様のエネルギーサプライシステムを内蔵しており武装の携行とカスタム・ビームサーベルのドライブが可能である。
幻惑用の装備として主に近接戦闘時の奇襲攻撃において非常に有効に機能したという。

S型解説
長距離支援仕様のミッションパックである。
大型バックパック兼用大型ビームライフルとビームシールドの複合可変型デバイスを装備する。
そのため長射程用の精密照準器を持つ。
このミッションパックは、サイコミュシステムを備えている。
そのため換装とメンテナンスには、時間がかかる。
さらにこのミッションパックのみ出力が向上し運動性が低下する。
カスタム・ビームサーベルとV.S.B.Rも装備されているため中距離戦にも対応可能である。

R型解説
偵察仕様のミッションパックである。
このミッションパックもサイコミュシステムを備えている。
そのためこれも換装とメンテナンスには、時間がかかる。
背部には、複合探知システムが搭載されている。
この複合探知システムからは、サイコ・ロト・ドームが接続されサイコミュ型パッシブ・レーダー・システムを搭載し中央部の円盤が毎分6回転して敵機の発するレーダー波を超長距離から捉える。
このレーダーの走査域は、360°である。
サイコ・ロト・ドーム下面には、高高度からの光学撮影が可能な対地監視用のモノアイレールが全周と外周にわたり設置されている。
レーザーや赤外線を用いた走査も可能でありニュートロンジャマー散布下においても一般機の倍以上の有効半径を誇る。
腰部中央には、対地サイコミュセンサーが増設され前腕部をカメラ・アームに交換することも可能である。
これは、無線式の新型探査ユニットであり山越えカメラとも呼ばれる。